Участвовал в Великой Отечественной войне (офицер пехоты), в том числе в битве за Москву. Награждён боевыми медалями и орденами.

   После войны Иван Данилович работает в качестве инженера-землеустроителя. Начиная с 1947 года изучал историю Среднего Урала, приобрёл на свои средства более 30 коллекций предметов древнерусского и народного искусства, позже безвозмездно переданные музею-заповеднику, который сам создал.

   С 1967 года занимается практической работой по реставрации памятников каменного и деревянного зодчества. В течение 10 лет он ведёт реставрацию сильно разрушенной Спасо-Преображенской церкви стиля барокко в селе Нижняя Синячиха Алапаевского района (конец XVII века).

   В 1978 году Иван Данилович Самойлов в этом здании открывает народный музей уральской домовой живописи, и на свободной территории по берегам реки Синячихи на площади 60 га создаёт музей под открытым небом — заповедник деревянного зодчества и народного искусства: из пяти районов области перевезено и отреставрировано три усадьбы  крестьян  XVII—XIX  веков,  четыре  часовни,  башни  острога  и